El Parque Nacional Bahuaja Sonene conserva el 100% del total de hectáreas pertenecientes al ecosistema sabanas del Beni (18 585 ha). Estas, conforman una ecorregión muy pequeña, ubicada en la parte suroriental del país, en el departamento de Madre de Dios, en la frontera con Bolivia. Si bien no se han realizado mayores estudios sobre este ecosistema, se conoce que se mantienen gracias a ocasionales incendios que regeneran la foresta.
Las Sabanas del Beni se caracterizan por ser una gran planicie cubierta de pastizales de hasta 2 m de altura que presentan pequeñas aglomeraciones de palmeras como el aguaje (Mauritia flexuosa), que se convierten en islas cuando las pampas se inundan completamente entre diciembre y abril.
Este ecosistema es hábitat de dos especies endémicas de Madre de Dios; es decir que no existen en ningún otro lugar del país, el lobo de crin (Chrysocyon brachyurus) y el ciervo de los pantanos (Blastoceros dichotomus), cuyas poblaciones se mantienen al interior del Parque Nacional Bahuaja Sonene. Asimismo, es hábitat de especies que son aprovechadas por el hombre Ese’ eja como el sajino, la huangana y el venado.