El guanaco, Lama guanicoe, es una especie rara y está considerada como especies de Preocupación Menor por la Unión Mundial para la Conservación de la Naturaleza (Lista Roja de UICN, 2001).
En los últimos años, se ha identificado a nivel nacional que sus poblaciones están sometidos a presiones ocasionadas por la minería, la ocupación ilegal, ritos chamánicos y la caza furtiva. Por eso, la Reserva Nacional de Calipuy cobra particular importancia como refugio para esta especie, donde se estima que existen alrededor de 1, 200 guanacos.
Adicionalmente, en este Santuario, se conserva el rodal más extenso de puya raimondi (Puya raimondii), y a especies como: el puma (Puma concolor), zorro costeño (Pseudalopex sechurae), zorro andino (Pseudalopex culpaeus), comadreja (Mustela frenata), venado (Odocoileus virginianus), oso de anteojos (Tremarctos ornatus), vizcacha (Lagidium peruanum) , cóndor andino (Vultur gryphus), el gallinazo de cabeza roja (Cathartes aura), el gallinazo de cabeza negra (Coragyps atratus), el loro frente roja (Aratinga wagleri), entre otras.